تأسست مؤسسة مواكبة في شهر ماي 2019 ويتكون مكتبها الحالي من سبعة أعضاء يتم تجديد انتخابهم من طرف الجمع العام، وتعقد المؤسسة جمعها العام سنويا، في حين يجتمع المكتب المسير بشكل أسبوعي لتتبع أشغال اللجان الاستشارية والتنفيذية والتقنية للمؤسسة. وإلى جانب هذه اللجان تم إحداث نادي مواكبة، الذي تم انتخاب أعضائه من الطلبة والطالبات، للاستفادة من القوة الاقتراحية والإجرائية للطلاب. كما تستعين المؤسسة بمحاسب معتمد لتتبع ماليتها.